El profesor Muñoz lleva desde 2005 investigando sobre integración fotónica en la Universitat Politècnica de València (UPV), adoptando un enfoque orientado a las aplicaciones y agnóstico en cuanto a la tecnología, y trabajando en plataformas SOI, InP, SiN e híbridas.

En 2011 cofundó VLC Photonics, una empresa derivada de la UPV, con el fin de transferir a la industria los conocimientos y las herramientas de diseño de PIC, y ocupó el cargo de director general hasta 2013 y el de miembro del consejo de administración hasta 2023. VLC Photonics fue adquirida por Hitachi High Tech en 2020. En 2017, dirigió la creación de UPVfab, la instalación de I+D y sala limpia de microfabricación de semiconductores de la UPV.

En 2025 cofundó HYBPIC para comercializar las tecnologías de integración híbrida desarrolladas en UPVfab. Desde 2017, el profesor Muñoz dirige actividades relacionadas con el ecosistema, ha colaborado en la elaboración del libro blanco del ecosistema PIC español (2020-2021) y en la iniciativa derivada PIXSpain a partir de 2022, que dio lugar a la línea piloto Chips JU PIXEurope (2025-2035), con un destacado papel protagonista de España, y al Centro de Competencia PIXSpain (2025-2029).